Foram as freiras do convento Annonciades, localizado atrás da igreja de Sainte Eulalie, que os fizeram. Recolhiam no porto o trigo que caía dos porões dos barcos ou dos sacos furados, bem como as gemas que eram descartadas pelos châteaux no processo de filtragem dos vinhos, pois apenas as claras eram utilizadas.

Bordeaux era um grande porto comercial onde era fácil obter rum e baunilha das ilhas. As freiras adicionaram esses ingredientes à receita para dar mais sabor. Essas pequenas guloseimas eram então distribuídas aos pobres ou vendidas.

Em 1790 as irmãs foram expulsas de seu convento, mas felizmente a receita foi retomada pelos bordelais que faziam os canelés no cais. A tradição continuou. No entanto, essa tradição foi de fato varrida no tumulto revolucionário, e o canelé passou a ser visto apenas em algumas mesas burguesas de Bordeaux.

Foi no início do século 20 que a receita foi tomada em mãos e aprimorada por profissionais. O canelé conquistou então o seu lugar nas melhores pâtisseries bordolesas e se tornou um emblema da cidade.

O lugar mais famoso para comer um canelé em Bordeaux é o Baillardran, com várias lojas espalhadas pela cidade. Além disso, existem outras ótimas opções, como La Toque Cuivrée, entre outros, que também são muito apreciados pelos locais e visitantes.